La iniciativa de su fundación surgió de un grupo de cofrades, quienes en su mayoría eran pertenecientes a la Congregación de las Angustias y Buena Muerte. El nombre de María Santísima de la Estrella fue decidido en la primera reunión de hermanos fundadores a finales de abril del año 1991. Tras dicha reunión se habló con quién sería posteriormente el imaginero de Nuestra Señora, don Luis Alberto García Jeute. Pasado un año fue el recibimiento de María Santísima de la Estrella y aproximadamente al mes de su llegada se llevó a cabo su bendición realizada por el párroco de aquel entonces, Don José Burló González. No fue hasta el Sábado de Pasión del año siguiente (1993) cuando se produjo su primera salida en vía crucis por el barrio de Regiones. La hermandad no procesionó de manera oficial hasta el año 1996, año posterior a su ingreso en la Agrupación de Cofradías (1995) donde se decidió que su día para salir en procesión sería el Domingo de Ramos.
La primera salida procesional se produjo el 31 de marzo de 1996 desde un patio particular ubicado en la calle San Isidro, en el barrio de Regiones. El cortejo lo componían 33 nazarenos, y la banda que acompañó a la Santísima Virgen fue la Agrupación Musical San Indalecio de la Cañada de San Urbano. En los años sucesivos la hermandad realizaría estación de penitencia desde el Instituto Alhamilla debido al mal estado del patio anexo de la parroquia y a las dimensiones de la puerta de la misma. En el año 1999 llegaría a Regiones la bendita imagen de Nuestro Padre Jesús de las Penas, siendo bendecida en la Iglesia de San Isidro Labrador el 20 de noviembre de ese mismo año. La imagen de Nuestro Señor fue realizada por quien ya, unos años antes, ejecutara para la hermandad la imagen de María Santísima de la Estrella, don Luis Alberto García Jeute. Llegó el 2004, año en el que se produjo la primera salida de la Madre y Reina de Regiones desde el patio anexo de la parroquia. En la Semana Santa de Almería del año 2006 se produjo uno de los estrenos más esperados por los almerienses. El Señor de Regiones realizaba su primera salida procesional. Junto a él encontrábamos las primeras imágenes que componen el paso de misterio: el romano a caballo, el cirineo portando la cruz, y el romano portando la clámide del Señor. El primer acompañamiento musical de Nuestro Señor fue llevado a cabo por la Banda de Cornetas y Tambores Santa Cruz. En los años sucesivos se completaría el misterio con las imágenes de San Dimas y Gestas.
