Para ello, se valió del buen hacer del arquitecto Juan de Orea, quien, siguiendo la estela de Diego de Siloé y Pedro Machuca, proyectó la ejecución de la nueva catedral bajo los postulados del más clásico Renacimiento artístico del siglo XVI, que rezuma en los diversos espacios que componen este recinto sacro. Las obras fueron impulsadas y ampliadas años después bajo el episcopado de Fray Juan de Portocarrero, gran mecenas y promotor de la construcción de la Capilla del Sagrario anexa a la Catedral.
En los siglos siguientes la Catedral fue dotándose de un rico patrimonio escultórico y ornamental, el cual, lamentablemente, fue destruido casi en su totalidad durante los trágicos sucesos de la Guerra Civil (1936-1939), en los que una parte del clero almeriense, junto a su obispo, el Beato Diego Ventaja, perdieron la vida. Terminada la contienda y durante las décadas siguientes, los obispos almerienses promovieron la reconstrucción del patrimonio dañado no perdido. Es más, este patrimonio fue aumentando y hoy puede apreciarse en las magníficas Salas de Exposición Permanente –Levante y Poniente- habilitadas junto al claustro neoclásico de la Catedral, alzado en el siglo XVIII.
Por todo lo anterior, la visita a la Catedral de la Encarnación de Almería supone un recorrido por dos mil años de Cristianismo, y un deleite para los sentidos por la excelencia artística empleada en toda su ejecución.