Situada en el convento de San Francisco de Asís, la Hermandad es constituida en el año 1743, hecho que se desprende del Libro de la Cofradía de Jesús Nazareno, de sus preliminares y 11 constituciones, lo que hoy se pueden considerar los primeros estatutos. Es la Cofradía Pasionaria más antigua de la ciudad de Almería.
Las primeras referencias sobre la existencia de la Cofradía de Jesús Nazareno se encuentran en la obra «Vida de San Indalecio, y Almería Ilustrada en fu antigüedad, origen, y grandeza» de don Gabriel Pascual y Orbaneja, en el año 1699. En esta obra se sitúan en el convento de San Francisco de Asís las pertenencias de la Hermandad y la imagen de Jesús Nazareno, que según refleja: «es de gran devoción y cuyos milagros acreditan los despojos funerales que se ven colgados en su capilla; cuida de su aseo una Cofradía de esta advocación, erigida en la nobleza, procesionando el Jueves Santo por la tarde».
Sobre la autoría de la primitiva imagen de Jesús Nazareno, es obra de Don José de Mora. Así consta en un presupuesto de él del año 1668 (Archivo Histórico Provincial de Almería), de un Nazareno para vestir que comprende cabeza, manos y pies con peana, valorado en 1275 reales de plata encargada por los PP. Franciscanos del templo de San Francisco de Asís (actual iglesia parroquial de San Pedro Apóstol de la ciudad de Almería).
Las primeras referencias de este Nazareno está en un primer testamento de 1670 de 18 de mayo (Archivos Histórico Provincial de Almería), de Doña Gregoria de Aguilar que se manda sepultar en el convento de San Francisco de Asís, en la capilla de Jesús Nazareno, no haciendo mención de la Hermandad y tampoco pertenencia a la Orden Tercera de San Francisco de Asís, a la que tradicionalmente se vincula esta advocación, por lo cual hay existencia de la imagen pero no de la hermandad.
