Próximo al alba del 22 de diciembre del año 1502, desde la atalaya de Torre García, el torrero Andrés de Jaén descubrió un reflejo cerca de la orilla del mar. Se trataba de una imagen de talla en madera de roble que representa a la Virgen con el Niño en su brazo derecho.
Tras avisar el torrero al Cabildo Catedral y ocurrir una serie de vicisitudes, la imagen fue llevada al Convento de Santo Domingo por el Prior Fray Juan Baena, donde hasta el día de hoy se venera. La imagen fue expuesta a los fieles en el retablo mayor de la iglesia, que la pudieron ver por primera vez el 1 de enero de 1503.
En el año 1520 se funda el Patronazgo de la Virgen del Mar, con el título de Hermandad Militar, lo que hoy es conocido con las Muy Antigua, Pontificia, Real, Ilustre y Venerable Hermandad de la Santísima Virgen del Mar Coronada, Patrona de Almería. El fin inicial fue el de fomentar el culto y propagar la devoción a la Virgen del Mar, así como ejercicio de las obras de caridad.
Tras la aprobación del Papa Pio VII, el 22 de agosto de 1806, el Ayuntamiento y el Cabildo ratifican que la Virgen del Mar se convierta en patrona de la ciudad.
En 1862 en su visita a Almería la Reina Isabel II regala a la Virgen lo que hoy se conoce como el Manto Regio. En 1951 se edificó la ermita actual en Torregarcía, en el mismo lugar en que se apareció la Virgen, y donde todos los años se le venera en la romería que tiene lugar el segundo domingo de enero.
La coronación canónica tuvo lugar el 8 de abril de 1951, en la explanada del puerto.
