La Hermandad se funda el 22 de enero de 1948, día en el que se aprueban sus primeras reglas en la parroquia de San Sebastián. Nace como Ilustre Cofradía del Prendimiento y Nuestra Señora de la Merced aunque es conocida como ‘Cofradía de Excautivos’. El devenir de esta primera etapa está caracterizado por enormes altibajos, esto propicia además de que las salidas se realicen de manera intermitente, unos años lo hará el Martes, otros el Miércoles (día mayoritario) y, otros, el Jueves Santo. La lluvia la dejará otras veces en la iglesia y una precaria situación económica hará que otras tantas procesione sólo alguno de los pasos y, encima, integrado en el cortejo de otra cofradía (esto ocurrió algunas veces con los Estudiantes, con el Amor o con el Silencio). Del taller de Perceval en 1948 salió el conjunto escultórico del Prendimiento, en los años cincuenta se adquiere la imagen de Jesús Cautivo de Medinaceli de José Navas Parejo y en 1956 se bendice la imagen de la Merced, obra de Enrique Pérez Comendador, en los años sesenta y setenta la hermandad pasa por una etapa de decaimiento absoluto hasta que en 1977 se reorganiza la Hermandad, al frente un nuevo grupo de jóvenes que obtienen la erección canónica en la S y A I Catedral por la vinculación que le unían con la misma. Se encargan nuevas imágenes que van sustituyendo paulatinamente a las anteriores y se proyectan y diseñan nuevos pasos y enseres tanto para el Prendimiento, para el Cautivo como para la Merced.
En 1996 tiene lugar un incendio en el interior de la Catedral; la madrugada del Jueves Santo, a las pocas horas de recogerse la cofradía, un incendio destruye dos de los tres pasos de la Hermandad perdiéndose en él las imágenes de la Virgen de la Merced y la de Jesús Cautivo, viéndose mermado considerablemente el patrimonio.