La Cofradía de Estudiantes fue fundada en el año 1944 por un grupo de jóvenes estudiantes almerienses, antiguos alumnos del Instituto de Enseñanza Media, y después universitarios en Granada. Fue su primer Consiliario el Dr. D. Andrés Pérez Molina y su primer Hermano Mayor D. Francisco de Asís Saiz Sanz, director del instituto entonces.
El Jueves Santo de 1945 los Estudiantes salieron en procesión por primera acompañando a la Oración en el Huerto, grupo escultórico de José Martínez Puertas de 1945 compuesto por Cristo orante y un ángel que lo reconforta. Y lo hicieron desde la que es su sede canónica, la Catedral de Almería.
En 1946 se incorpora al cortejo la imagen de Nuestra Señora del Amor y la Esperanza, obra de Antonio Castillo Lastrucci que fue la primera dolorosa almeriense en salir bajo palio.
Con la creación de la Agrupación de Cofradías en 1947, la cofradía cambia el día de su salida en procesión al Miércoles Santo. Desde entonces, los Estudiantes no han dejado nunca de salir, incluso en los críticos años 70. Y de ellos salieron las ilusiones que resucitaron a las demás hermandades de entonces.
En 1981 se inició la renovación del paso de la Virgen, introduciendo la orfebrería en la Semana Santa almeriense e influyendo en la renovación estética de nuestras cofradías.
El miércoles Santo de 1982, el paso del misterio de la Oración en el Huerto salió por primera vez portado a hombros con varales por hermanos de la Hermandad, fundándose a tal efecto la primera cuadrilla de costaleros. Dos años después, en 1984, con la realización de un nuevo paso, comienza a ser llevado por costaleros bajo trabajaderas. Ese mismo año fueron suprimidas las ruedas en el paso de la Virgen, que también salió por primera vez, portada por costaleros.