La Hermandad se funda en 1.557 debido a la gran devoción que se le profesaba a la Imagen de Nuestra Señora del Carmen venerada en la Iglesia de San Sebastián, y que cada año congregaba para su fiesta a feligreses de todas las parroquias de la ciudad, y de fuera de ella.
El 1.745 se nombra a la Santísima Virgen del Carmen “Patrona del Barrio” en “Vox Populi”, siendo también muy conocida por los almerienses como “Reina o Patrona de las Huertas”, tal y como consta en los estatutos de la Hermandad, ya que esta devoción estaba muy extendida entre las personas del campo, pues la Parroquia abarcaba parte de la huerta de Almería, naciendo así esta canción popular:
“Ojos grandes, pelo negro
labios rojos, tez morena,
como la Virgen del Carmen,
la Patrona de las Huertas.”
En 1.939 se reorganiza la Hermandad tras la Guerra Civil. A pesar de las dificultades y de la premura del tiempo, pues corrían ya veinte días del mes de junio, trabajaron por celebrar los cultos en honor de Nuestra Señora del Carmen, de hecho no dejó de procesionar la Sagrada Imagen, a excepción de los años de la contienda. Además realizaron las gestiones para adquirir una nueva Imagen de la Virgen y conseguir nuevos enseres para la Hermandad, sin olvidar que colaboraron activamente en la reconstrucción del templo de San Sebastián.
En el año 1.954, con motivo de ser declarado “Año Mariano Universal” se organizó, como culmen de los actos y solemnes cultos programados, una Procesión Magna con dieciocho imágenes de distintas advocaciones de la Virgen. Abría la mencionada procesión la venerada Imagen de Nuestra Señora del Carmen y la cerraba la de Nuestra Patrona, la Santísima Virgen del Mar. Como recuerdo de esta gran festividad se colocó en la fachada principal de la Iglesia de San Sebastián una estatua de la Virgen realizada en mármol el día 23 de enero de 1.955.
En el año 1.993 se reorganiza nuevamente la Hermandad por iniciativa del nuevo Párroco, Rvdo. D. Manuel Navarro Ponce. Nuevamente se produce el resurgir de la misma, siendo Obispo de la diócesis, el Excmo. y Rvdmo. Sr. D. Rosendo Álvarez Gastón que aprobó los estatutos el 19 de septiembre de 1996.
El 30 de Mayo de 2.015, la Imagen de Nuestra Señora del Carmen fue coronada canónicamente en la plaza de la Catedral de Almería en una ceremonia presidida por el Obispo de Almería, el Excmo. y Rvdmo. Sr. Dr. D. Adolfo González Montes y concelebrada por el entonces Obispo de Guadix, el Excmo. y Rvdmo. Sr. D. Ginés Ramón García Beltrán.